Tout juste disponible, Football Manager 2006 bénéficie déjà d'un premier patch, écartant les premiers bugs repérés par le développeur depuis le passage du jeu en gold. Cette mouture 6.0.1, dont cette page liste les miroirs et les changements, ajuste également les effectifs en prenant en compte les derniers transferts du monde du football. Elle est compatible avec les sauvegardes du jeu de base mais Sports Interactive conseille bien sûr de recommencer une partie pour en tirer toute la substantifique moelle.